温度管理对有机肥发酵的速率和产品的质量有重要影响。温度的管理必须使有机肥原料的温度维持在50～55℃以上在5～7天，达到微生物无害化标准的要求，这是最重要的一项生产管理项目。

    温度管理的影响因素主要是通风和翻抛，有机肥原料调整适合投入发酵设施后，可以通过通风和翻堆来控制堆体温度的变化。